Průběh onemocnění je chronický, střídá se období klidu s obdobím potíží. Nejčastěji jsou úporné vleklé průjmy, které mohou být trvalé nebo s přestávkami a mohou obsahovat i krev, méně často hlen. Průjmy jsou doprovázené bolestí břicha, tělesnou teplotou kolem 38°C, únavou, ztrátou energie, slabostí, ospalostí, ztrátou chuti k jídlu, ztrátou tělesné hmotnosti a objeví se i křeče v břiše. Je porušeno vstřebávání živin a následně vzniká podvýživa. Ve stolici se objevují tuky (steatorea) a při chronickém krvácení může vzniknout anémie související s nedostatkem železa. Kromě vředů a zánětů se může Crohnova choroba projevovat zúžením průchodnosti střev, tvorbou abscesů a píštělí, což jsou kanálky spojující místa zánětu s jakýmkoliv jiným místem. Zanícená místa se hojí jizvami, které pak způsobují zúžení trávicí trubice.
Mimo střevních projevů choroby se může objevit vyrážka, záněty podkožní tukové tkáně (erythema nodosum), kožní vředy, též bolesti zad a neinfekční záněty oka.
Příčiny z pohledu klasické medicíny
Crohnova choroba není nakažlivá, jasná příčina však není známá. Nejčastějšími příčinami vzniku jsou genetické vlivy, infekční původ v podobě bakterie Helicobakter pylori, plísní i dalších bakterií a virů. Ke vzniku může přispívat i porucha obranyschopnosti, nevhodná strava s vysokým obsahem rafinovaných cukrů a nedostatkem vlákniny, potravinové alergie, nedostatek vitaminů C a E. Nepříznivě působí i kouření, užívání nesteroidních antirevmatik a hormonální antikoncepce.